Sono disponibili 3 contratti di ricerca di durata biennale, estendibili per un terzo anno, presso l’Università di Udine, Dipartimento di Scienze Agroalimentari, ambientali e animali relativi al progetto CISVAR “Cis-regulatory variation: from cells to populations”, finanziato dal Ministero dell’Università e della Ricerca a
valere sul bando 2023 procedura competitiva per lo sviluppo delle attività di ricerca fondamentale, Fondo
italiano per la scienza 2022-2023 (BANDO FIS 2), responsabile scientifico Michele Morgante.
Il progetto CISVAR mira a sviluppare un nuovo approccio teorico ed empirico per identificare gli alleli cis-
regolatori presenti in una popolazione di individui e per stimare il loro valore cis-regolatorio, denominato
contributo netto stimato (ENC, Estimated Net Contribution) degli alleli. Il metodo fino ad ora sviluppato
determina l’espressione allelica specifica (ASE, Allele Specific Expression) per ciascun gene in tutti gli
individui eterozigoti di una popolazione e combina le informazioni di tutte le combinazioni eterozigoti in cui è presente lo stesso aplotipo, al fine di stimare l’ENC di ciascun allele. Successivamente vengono inferiti il numero di diversi alleli cis-regolatori presenti nella popolazione, vengono quantificate le differenze di espressione tra questi alleli e questi valori vengono usati per stimare la diversità cis-regolatoria a livello di singoli geni, individui e popolazioni. È inoltre possibile estendere i concetti della genetica delle popolazioni applicati alla variazione di sequenza, come l’eterozigosi attesa e osservata, anche alla variazione cis-regolatoria. Nell’RNA-seq tradizionale (bulk), il livello di espressione genica rilevato rappresenta generalmente una media dell’espressione in un organo o tessuto, mentre è ben noto che gli elementi cis-regolatori, oltre a essere dinamici durante lo sviluppo, sono spesso specifici per tipo cellulare. I recenti progressi nella trascrittomica ad alta risoluzione possono aiutare a superare questi limiti. Il progetto quindi vuole applicare la trascrittomica ad alta risoluzione su individui appartenenti a popolazioni diverse, usare il metodo di stima dell’ENC per ottenere informazioni sulla variazione cis regolatoria con un livello di dettaglio senza precedenti ed indagare la regolazione cis specifica per tipo cellulare. Utilizzando i metodi disponibili per l’analisi ASE e le informazioni aplotipiche dell’intero genoma per i genotipi analizzati si eseguiranno analisi ASE su cluster omogenei di cellule identificati tramite dati di scRNA-seq. Nei dati di trascrittomica spaziale, combineremo i dati di cluster spaziali contigui per ottenere un numero sufficiente di letture, in modo da eseguire analisi ASE almeno sui geni più altamente espressi, e per studiare la distribuzione spaziale della variazione cis regolatoria in relazione ai contesti cellulari circostanti. Il progetto prevede di usare due specie vegetali come sistemi sperimentali, una coltivata, la vite (Vitis vinifera) e l’altra selvatica, il pioppo nero (Populus nigra), per affrontare due differenti problemi biologici attraverso l’analisi dei livelli di variazione cis-regolatoria.
Il contratto n. 1 prevede come specifiche funzioni in relazione alle attività di ricerca oggetto del contratto e gli obiettivi assegnati: Eseguire analisi trascrittomiche e di accessibilità della cromatina su tessuti e singole cellule di piante (vite e pioppo nero); eseguire le relative analisi computazionali per arrivare alla
quantificazione dell’espressione genica. Il relativo bando può essere reperito al link DI4A – gruppo
scientifico disciplinare 05/BIOS-14 Genetica (Procedura n. 1) — UNIUD – Università degli Studi di Udine
Il contratto n. 2 prevede come specifiche funzioni in relazione alle attività di ricerca oggetto del contratto e gli obiettivi assegnati: Eseguire analisi trascrittomiche su tessuti di piante (vite e pioppo nero) utilizzando
metodiche di trascrittomica spaziale; eseguire le relative analisi computazionali per arrivare alla
quantificazione dell’espressione genica. Il relativo bando può essere reperito al link DI4A – gruppo
scientifico-disciplinare 05/BIOS-14 (Procedura n. 2) — UNIUD – Università degli Studi di Udine
Il contratto n. 3 prevede come specifiche funzioni in relazione alle attività di ricerca oggetto del contratto e gli obiettivi assegnati: Eseguire analisi computazionali su dati di genomica, epigenomica e trascrittomica ottenuti sia con tecnologie long read che short read per determinare variazione genetica a livello di sequenza e a livello cis-regolatorio in popolazioni di piante. Eseguire analisi computazionali di dati trascrittomici ed epigenomici derivanti da analisi a singola cellula e di tipo spaziale. Applicazione di modelli di stima della variazione cis-regolatoria su tali dati. Il relativo bando può essere reperito al link DI4A – gruppo scientifico-disciplinare 05/BIOS-14 (Procedura n. 3) — UNIUD – Università degli Studi di Udine
La scadenza per la presentazione delle domande (procedura online) è il 24/10/2025 alle ore 13.00.
Per maggiori informazioni o chiarimenti potete contattare Michele Morgante
(michele.morgante@uniud.it).